Simülasyon kötü çıkmış, neylesin süpermen?

Ben labda (p334) bunları yazarken, yazdığım bilgisayarın yanındaki bilgisayar adım adım ve harıl harıl son nanoçark simülasyonunun sonuç snapshotlarını çekiyor – hesapta birleştirip çizgifilm yapacağım… Ama oturduğum yerden gayet de net olarak görmelerde olduğu manzara pek de iç açıcı değil (yandan video [0.8MB]). Kontrollü nanoçark -buna Haydar diyelim-, daha ilk andan, etkileşime girdiği, her bir şeyi yapmakta özgür olan diğer nanoçarka -buna da Özgür Kız Viliye diyelim, bir taaruza girip onu iyice uca kaçırttı ve bütün çabalarına rağmen son anları saymazsak, bir türlü düzgün çevirttiremedi. Pöff! Daha önceki çarklar epey güzel dönmüşlerdi [üstten video [5.4MB], yandan video [5.5MB]], bunlar biraz gıcık çıktı. Başlangıç ve sınır koşullarını tekrar gözden geçirmeliyim… Poffidi poffidi…

Haydar ve Viliye mutlu günlerinde.. (iBaşlangıç adımı)/i
Haydar ve Viliye mutlu günlerinde.. (Başlangıç adımı)

yıllar önce / yıllardan sonra : iki fizikçinin hikayesi

Başlığa bakıp da trajik ya da en azından ciddi bir şeyler beklemeyin. Bundan yıllar evvel, lisanstayken ben matematiksel fizikle (bütün o quantum alan teorileri ve vakum!) ilgileniyordum, Bora ise istatistik fizikle (modellemeler, olasılıklar, varsayımlar..). Ben bitirme tezimi Neşe Hanım’la (Özdemir) yaptım, Bera da Ayşe Hanım’la (Erzan). Sonrasında ben ODTÜ’ye gelince, ilgilendiğim konuda birlikte çalışabilecek olan iki kişiden birinin (Tekin Dereli) o sırada yurtdışında (İngiltere), diğerinin (Selçuk Bayın) de bu konuları bırakıp, ekonofizik adı verilen, borsayla ilgili ve pek bana göre olmayan bir mecrada yol aldığını öğrenince, sağolsun, Şakir Hoca’nın (Erkoç) teklifi üzerine, nano dünyasına adım attım.

Bera ise, lisansından sonra, Neşe Hanım’la birlikte çalışmaya başladı, sonra Emir de o konuda çalıştı, canavar gibi çözümler yaptılar. 8) Yani bir nevi “Ne oldum dememeli, ne olacağım demeli” vakası..

Bunlar nereden aklıma geldi / niye yazdım? Bugün Ayşe Hoca Odtü Biyoloji bölümüne, bu network sisteminin proteinlere, genlere uygulandığı bir modeli anlatmak üzere gelmişti, onun seminerindeydim de. Elime çiçeklerimi alıp gittim, bir yandan da beni tanıyacak mı acaba diye düşünüyorum – dile kolay, 6 sene oldu. Sağolsun, tanımakla kalmadı, eskiden kullandığım email adresim (cemalsureya@…) bile hatırında kalmış, çok şaşırdım.. Bera’nın, Emir’in kulaklarını çınlattık. Bera’nın bu yukarıda bahsettiğim “alan değişikliği” meselesinden bahsederken de, Bera’nın tez savunmasında “zaten ben de pek inanmıyorum bu yaptıklarıma..” benzeri bir şeyler söylediğini anlattı.. 8)) (Bera deprem modellemesi yapmıştı tezinde). Böyle işte.

Bu naçiz yazarınız Ayşe Erzan’ın seminerinden bir saat sonra da ilk makalesinin editörü olmak gibi bir özelliği de olan pek sayın Dietrich Stauffer’in (IJMPC) verdiği ekonofizik konulu seminerine gitti. Şu anda ben bu satırları yazarken, Stauffer de bizim labda, karşımdaki bilgisayarda bir şeyler tuşlamakta – eminim ki o da kendi blog sitesinde benden bahsetmektedir.. 😉

Me, myself and every Stauffer I know 8)

hâl ve gidişat – molekül dinamik ve MPI

Bu aralar fizikte başlıca iki temel konu üzerinde çalışmalar yapıyorum.. Birincisi bir moleküler dinamik simülasyon programı (hydrokarbonlar ağırlıklı olacak), ikincisi de, birinciyi paralel olarak çalıştırmada kullanacağım MPI metodu (detay isteyenler için MPICH 2 sürümünü kullanıyorum). Zevkli olmasına hayli zevkli ama bakalım… Bu konuyla ilgili evvelsi hafta rektörlükten benim de aralarında bulunduğum bir gruba güzel bir teklif yaptılar ama hala kararsızım.. Böyle işte. Eskiler ne de güzel demişler: MPI_Send(“ASL?”,100,MPI_CHAR,0,0,MPI_COMM_WORLD);