Dün, MM+ force field‘in en zorlu kısmı olan bağ enerjileri hesaplarını tamamıyla çözdüm. Geriye açı, torsion filan kaldı ama bağ kısmını hallettikten sonra pek bir sorun çıkaracaklarını sanmam. HyperChem, daha evvel bahsettiğim üzere, bütün hesap yöntemlerini dürüstçe açıklamış ama uygulama aşamasına geçince, aslında hiç de yaptıklarını söyledikleri şekilde yapmadıklarını hüsranla fark edip, tersten giderek formüllerine ulaştım. Şu güzellere bir bakın derim:
HyperChem:
Single Point, MolecularMechanics, molecule = D:\cpp\depo\graphite.ent.
mmplus
Default parameters being used for torsions…
Default parameters being used for stretches…
Default parameters being used for van der Waals…
Default parameters being used for bends…
Total Energy=7339.045898 Gradient=128.656143.
Bond=7339.05 Angle=0 Dihedral=0 Vdw=0 Stretch-bend=0 Electrostatic=0.
Benim Program:[…]
599 – 598 Enerji –> 2.560039
Mesafe: 1.535771
Mesafe-l0: 0.035771
mmswitch = 1.000000
mms parantez : 0.928458
600 – 599 Enerji –> 0.427327
EBAG = 7339.047413 | EANG = 0.000000 | EVDW = 0.000000 | ESTB = 0.000000
TOPLAM = 7339.047413
GRAD = 0.000000
HyperChem:
Single Point, MolecularMechanics, molecule = D:\cpp\depo\sil.ent.
mmplus
Default parameters being used for torsions…
Default parameters being used for stretches…
Default parameters being used for van der Waals…
Default parameters being used for bends…
Total Energy=110841.625000 Gradient=2234.989502.
Bond=110842 Angle=0 Dihedral=0 Vdw=0 Stretch-bend=0 Electrostatic=0.
Benim Program:
18 – 17 Enerji –> 7.701890
Mesafe: 1.789839
Mesafe-l0: 0.249839
mmswitch = 0.926193
mms parantez : 0.537201
19 – 18 Enerji –> 12.061432
EBAG = 110841.625965 | EANG = 0.000000 | EVDW = 0.000000 | ESTB = 0.000000
TOPLAM = 110841.625965 GRAD = 0.000000